Ευρεία δημοσιότητα δίδουν δημοσιεύματα τύπου και αναρτήσεις ιστολογιών στην περίπτωση δύο ελληνικών ερευνητικών σκαφών, το «ΦΙΛΙΑ» και το «ΑΙΓΑΙΟ», που ανήκουν στο Ελληνικό Κέντρο θαλασσίων Ερευνών, τα οποία ενώ πραγματοποιούσαν έρευνα στο Αιγαίο, το μεν πρώτο εγγύς του Αγ. Ευστρατίου, το δε δεύτερο ΒΑ της Λήμνου, έλαβαν εντολή να διακόψουν τις εργασίες τους και να καταπλεύσουν στο πλησιέστερο ελληνικό λιμάνι. Σημειώνεται ότι τα δημοσιογραφικά ερωτήματα για το ποιος έδωσε την σχετική εντολή παραμένουν αναπάντητα η δε Κυβέρνηση εξακολουθεί να μη δίνει καμία πληροφορία για τις «εντολές άνωθεν», που υποχρέωσαν ελληνικά ερευνητικά σκάφη να διακόψουν το εκ των προτέρων συμφωνημένο και ανακοινωμένο ερευνητικό έργο τους μέσα στην ελληνική υφαλοκρηπίδα.

Αυτά δηλώνουν οι Βουλευτές κ. Ιωάννης Κοραντής και κ. Παύλος Μαρκάκης στην ερώτησή τους (Ερώτηση 4779/11-10-2010 της Βουλής των Ελλήνων) ερωτώντας παράλληλα

1. Ποια είναι, η πρακτική που τηρείται; Ήταν υποχρεωμένο το ΕΛΚΕΘΕ να ζητήσει την σχετική άδεια από το Υπουργείο σας;

1. Εάν το έκανε και την έλαβε, το Υπουργείο σας ήταν αυτό που έδωσε εντολή να διακοπεί το ερευνητικό έργο των ανωτέρω δυο σκαφών; Και αν ναι, με ποια αιτιολογία;
2. Αληθεύει ότι ενώ το «ΑΙΓΑΙΟ» επιχειρούσε την Πέμπτη 7/10/2010 νότια της Θάσου και 6Α της Λήμνου, στην περιοχή εμφανίσθηκε το γνωστό «Πιρί Ρέις», οπότε και το ελληνικό σκάφος αποχώρησε;

Το ΥΠΕΘΑ απάντησε ότι «σχετικά με τα ερευνητικά σκάφη του ΕΛΚΕΘΕ, επιτρέψτε μου να σας παραπέμψω στην απάντηση μου επί όμοιας Ερώτησης υπό στοιχεία 4819/12-10-2010 του βουλευτή κ. Ιωάννη Κοραντή.»

Κάντε ένα σχόλιο